退税租房合同编号可以不填。在填写扣减时，房屋租赁协议编号为选填项，不填关联也并不大。但一定要确保租赁业务是真正的，尽量写清晰租房的地点和_间。
个人所得税租房退税申报方式：
1、综合所得年度汇算，如果用户的年度综合收入不超过6万且已预缴税款的，可以通过综合所得年度汇算这种简易的申报方式进行申报；
2、专项附加扣除填报，在个税APP中通过专项附加扣除，选择住房租金，提交相应的资料即可完成租房退税申报。
个税租房抵扣需要提交的材料：
1、住房租赁信息（住房租赁合同、协议等有关资料备查）
获取合同编号、租赁房屋坐落地址、租赁房信息；
2、工作城市信息
主要工作城市（市一级）：指纳税人任职受雇的直辖市、计划单列市、副省级城市、地级市（地区、州、盟）全部行政区域范围。
【法律依据】：
《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》第十五条
纳税人享受住房租金专项附加扣除，应当填报主要工作城市、租赁住房坐落地址、出租人姓名及身份证件类型和号码或者出租方单位名称及纳税人识别号（社会统一信用代码）、租赁起止时间等信息；纳税人有配偶的，填写配偶姓名、身份证件类型及号码。
纳税人需要留存备查资料包括：住房租赁合同或协议等资料。