法律分析：保护小股东合法权益的方法如下：
1、在公司的强制性规定下，章程中可以制定更严格的规定，以大股东的行为；
2、可以细化公司章程规定的股东权利义务等简单或不完善的地方，具有可操作性；
3、建立公司财务、政务公开制度；
4、给予普通股东更多的知情权和调查权；
5、当公司董事、经理违反《中华人民共和国公司法》的强制性规定时，可以采取相应的处罚措施。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第二十条 公司股东应当遵守法律、行规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。
公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
公司股东滥用公司法人地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。