法律分析：一般是没有问题的，现在大部分房产证都是在业主自己手里，只是抵押贷款的房产证都会有到他项权利被抵押的相关说明，以后贷款还清楚了，银行也会取消他项权抵押的相关手续，给你发放还清证明的凭据。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第三百九十五条 债务人或者第三人有权处分的下列财产可以抵押：（一） 建筑物和其他土地附着物；（二） 建设用地使用权；（三） 海域使用权；（四） 生产设备、原材料、半成品、产品；（五） 正在建造的建筑物、船舶、航空器；（六） 交通运输工具；（七） 法律、行规未禁止抵押的其他财产。