法律分析：企业应对违反安全制度的员工进行处罚。企业在执行安全制度时负有管理职责，其员工执行安全制度也是其职责之一。若员工违反安全制度，造成了损害，企业应对其进行相应的处罚。
法律依据：
1. 《中华人民共和全生产法》 第四十条 生产经营单位的法定代表人、主要负责人和直接责任人员，对违法违规的安全生产行为负有责任。
2. 《中华人民共和国劳动法》第四十条用人单位应当采取必要的措施，防止劳动者的职业危害。
3. 《中华人民共和国劳动合同法》第十六条用人单位应当依法采取必要的措施，保障劳动者的安全卫生条件，防止劳动者发生职业伤害。如果劳动者发生工伤，用人单位应当依法承担相应的责任。
因此，企业应当明确安全制度，建立相关制度和管理措施，对违反安全制度的员工进行相应的处罚，以维护劳动者的安全和健康。