食品经营许可证的变更流程如下：
1、到工商行政管理部门提交食品经营许可变更申请书；
2、填写市卫生局卫生许可证申请书；
3、新增产品的，按新产品审查进行，所需资料也一样要求；
4、减少产品的，仅需递交申请报告；
5、原卫生许可证副本原件、工商营业执照复印件。食品经营许可证编号不变，发证日期为食品药品监督管理部门作出变更许可决定的日期，有效期与原证书一致。
食品经营许可证证明的许可事项发生变化的，食品经营者应当在变化后10个工作日内向原发证的市场监管部门申请变更经营许可，并提交下列材料：
1、营业执照或许其他主体资格证明文件复印件；
2、食品经营许可证改变请求书；
3、请求人指定或托付别人处理改变请求手续的，指定代表或托付代理人应当提交指定（托付）书及其身份证明文件。
运营场所发生改变的，应当重新请求食品经营许可证。
4、食品经营许可证正本、副本原件；
5、请求改变外设库房地址的，应当提交外设库房租借合同和出租人营业执照或自有外设库房证明文件的复印件，设备设备布局图。
6、请求改变设备设备和运营场所布局的，应当提交改变后的设备设备布局图和操作流程等文件。
外设库房地址发生改变的，食物运营者应当在改变后10个工作日内向原发证的商场监管部门陈述并请求改变。
法律依据
《食品经营许可管理办法》（2017修正)
第二十七条 食品经营许可证载明的许可事项发生变化的，食品经营者应当在变化后10个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门申请变更经营许可。经营场所发生变化的，应当重新申请食品经营许可。外设仓库地址发生变化的，食品经营者应当在变化后10个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门报告。
第二十 申请变更食品经营许可的，应当提交下列申请材料：
（一）食品经营许可变更申请书；
（二）食品经营许可证正本、副本；
（三）与变更食品经营许可事项有关的其他材料。