法律分析:
软件版权侵权的处理方式:
1、双方能够达成协商的，可以协商处理；
2、双方不能协商的，可以向有关行政部门投诉处理；
3、双方有仲裁协议或仲裁条款的，可以按照协议处理；
4、前述方法均无法处理的，当事人可以提起诉讼。
法律依据:《《中华人民共和国著作权法》》第六十一条
当事人因不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定而承担民事责任，以及当事人行使诉讼权利、申请保全等，适用有关法律的规定。