1、品种不同：奇亚籽是薄荷类植物芡欧鼠尾草的种子，原产于墨西哥南部以及危地马拉等北美洲地区而亚麻籽也被称为胡麻籽、秋麻籽等，是一年生草本植物亚麻的成熟种子，其种植历史已经有五千多年了，十分悠久。
2、形态不同：奇亚籽较小，一般为长1.87±0.1mm，宽1.21±0.08m，厚0.88±0.04mm，呈椭圆，表面光滑，颜色从米黄色到深咖啡色，表面带有小黑点，质地坚硬。亚麻籽和芝麻一样，有黑色和白色两种，呈扁平椭圆状，质地较软。
3、食用方法不同：奇亚籽主要是用来泡茶喝，作为养生茶品食用。亚麻籽主要是用作调味品，比如饼干、蛋糕、面包等配料，榨成食用油味道也不错。