工程合同纠纷的处理方式有：1、当事人自愿协商解决；2、第三人（人民调解委员会）居中调解；3、向仲裁委员会申请仲裁；4、向人民起诉。合同发生纠纷后，当事人自行协商、调解不成的，合同中又无仲裁条款，则可以向人段圆民起诉。法律依据：《中华人民共和国民法典》 第七百八十 建设工程合同握掘塌是承包人进行工程建设,发包人支付价款的合同。 建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。