他们两者的区别主要有以下的三大点：
1、新农村合作医疗是农村户口的买，居民医疗保险是非农业户口的买。
2、新农合主要是让农民在乡镇卫生院报销得多，起付线低，在城里的医院报得相对比较少；居民医疗保险起付线比新农合稍高，在大医院报销比例稍高一些，交钱也就相应的多缴一些。
3、新农合可以报销的医药目录比城镇医保要少一些，新农合在乡镇医院报销比例高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低百分之一二十，最高封顶也比城镇医保少。
一、新农合异地报销材料有哪些
(1)患者的《农合证》、户口本、身份证原件；
(2)全省统一的新型农村合作医疗转诊、转院审批表；(外地务工或外地居住的不提供新型农村合作医疗转诊、转院审批表，需提供务工所在单位或居住地村级以上部门证明)
(3)诊断证明；
(4)出院证；
(5)住院医疗费用汇总清单；
(6)住院收费；(如提供地方税务监制的民营医疗单位，须提供其卫生主管部门确定其为新型农村合作医疗定点医疗机构的文件，是复印件要加盖出台文件单位的公章)
(7)加盖公章的住院病历复印件。(包括病历首页、长期医嘱、临时医嘱、出院小结)
二、新农合异地报销比例和本地一样吗
新农合异地报销比例和本地一样，全国都是按同一报销标准执行报销的：
1、乡镇卫生院报销，起付线为100元，报销比例为90%；
2、县级定点医院报销，起付线为200元，报销比例为82%；
3、市级定点医院就医，起付线为500元，那么报销比例为65%；
4、省级定点医院就医，起付线为700元，报销比例为55%；
5、省外非定点医院就医，起付线为1000元，报销比例为45%。