一、专用认证基本流程
1、远程认证远程认证是由纳税人自行扫描、识别专用抵扣联票面信息，在此过程中将会有电子数据的生成，通过网络传输至税务机关，经过税务机关对其解密以及认证，并将认证结果信息返回给纳税人的认证方式。
2、上门认证上门认证是指纳税人需要提供专用抵扣联等资料，要求纳税人到税务机关的申报征收窗口或者自助办税机进行认证的方式。
3、勾选认证勾选认证是指符合条件的纳税人通过特定的网址，对升级版开票系统开具给自己的信息进行查询，然后通过勾选和确认的形式完成认证。
（1）勾选认证实施范围目前可以适用取消认证，可以采用勾选认证的纳税人包括：度纳税人信用等级在B以上的一般纳税人以及营改增试点被新纳入的一般纳税人。
（2）勾选认证操作方法上述纳税人取得销售方使用系统升级版开具的（包括专用、货物运输业专用、机动车销售统一），扫描认证可以不用再进行，而是通过税控开票软件登录各地查询平台，可对用于申报抵扣或者出口退税的信息进行查询和选择。
二、认证方式的差异比较上门认证：一种比较“历史”的认证方式，认证结果可以实时确认，但纳税人需要往返税务大厅，对于办税成本来说较高，随着今后的发展，纳税人将会需要认证更多的，将会花费更多的时间。远程认证：纳税人通过自行扫描、上传专用票面信息，税务机关对认证结果信息的认证方式进行远程反馈，但该认证方式需要纳税人自行购买扫描仪等设备，增加了企业的负担。勾选认证：纳税人通过对特定网址的登录，查询以及逐票勾选（支持同时勾选多份），对次月征收期内用于申报抵扣的进项清单信息的方式进行选择，实现“取消认证”功能，还是比较简单便捷的，不会增加额外成本。