协议离婚后财产纠纷有以下处理方式：1、双方协商处理。2、通过诉讼处理。法律依据：《婚姻法》第三十九条规定，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民根据财产的具体情况，照顾子女和女方权益的原则判决。夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。