本科论文知网查重参考文献会一个一个对比的，知网查重系统在查重参考文献时，会先对参考文献的格式进行识别，因为查重系统不会和人一样，只会通过一定的算法和规则来确认哪些部分是参考文献，识别正确后，查重系统就会将参考文献的内容一一和查重库中所收录的文献进行对比，如果发现有不对的地方，查重系统就会在最终的查重报告中标记出来并标明原因。